Die Gewerkschaft NEZAVISNOST berichtet über zahlreiche Fälle, in denen eine Gewerkschaft gegenüber einer anderen bevorzugt wird, sowohl von privaten Arbeitgebern als auch vom Staat (der nach wie vor der größte Arbeitgeber in Serbien ist). Es ist offensichtlich, dass Organisationen begünstigt werden, die keinem repräsentativen Dachverband angehören, daher nicht dessen Unterstützung erhalten und sich somit in einer schwächeren Verhandlungsposition befinden. Diese Gewerkschaften werden häufig mit Zustimmung des Arbeitgebers gegründet und sind auf dessen finanzielle Unterstützung angewiesen. Eine solche Begünstigung war bei den Verhandlungen zwischen dem Staat und verschiedenen Branchenorganisationen zu beobachten, in Bezug auf Organisationen wie die Apotheker- und Ärztegewerkschaft, die Krankenpfleger- und Technikergewerkschaft, die Verwaltungsgewerkschaft, die Polizeigewerkschaft, die Unabhängige Polizeigewerkschaft, die Gewerkschaft für die Elektrizitätswirtschaft und die Flughafengewerkschaft „Nikola Tesla“. Die staatliche Elektrizitätsgesellschaft Elektroprivreda Srbije hat beispielsweise die Kontrolle über ihre Gewerkschaft. Die Organisation ist nur beim Arbeitgeber registriert und erhält rund 9 Millionen EUR an finanzieller Unterstützung pro Jahr. Die Gesellschaft hat Verhandlungen mit der relevanten Organisation, die der NEZAVISNOST angehört, abgelehnt und trotz mangelnder Repräsentativität einen Tarifvertrag mit der gelben Gewerkschaft abgeschlossen.
Zu ungleicher Behandlung kommt es auch während des Registrierungsverfahrens. Laut innerstaatlicher Gesetzgebung sind Gewerkschaftsorganisationen verpflichtet, sich auf allen Ebenen (regionaler, betrieblicher, sektoraler, nationaler) registrieren zu lassen. Das Arbeitsministerium hat maximal 30 Tage Zeit, um das Registrierungsverfahren abzuschließen. In der Praxis mussten jedoch viele NEZAVISNOST-Mitgliedsorganisationen mehr als drei Monate auf die endgültige Entscheidung warten. Während dieser Zeit konnten sie weder ihrer Arbeit nachgehen noch an Tarifverhandlungen teilnehmen. Gleichzeitig wurden andere lokale Gewerkschaften, die regierungsnahen Organisationen angehörten, im Schnellverfahren vom Arbeitsministerium zugelassen.