NEZAVISNOST rapporte des cas réguliers de favoritisme, aussi bien de la part d’employeurs privés que de la part de l’État (qui reste le principal employeur de Serbie). Il se dégage clairement une tendance à favoriser les organisations qui ne sont pas affiliées à une confédération nationale représentative et qui n’en reçoivent donc aucune aide, se retrouvant dans une situation de négociation plus faible. Souvent, ces syndicats sont mis sur pied avec l’accord de l’employeur et dépendent de son soutien financier. Un tel favoritisme s’est noté lors des négociations entre l’État et plusieurs organisations syndicales, comme l’Union des pharmaciens et des docteurs de Serbie, le Syndicat des infirmiers et techniciens de Serbie, le Syndicat de l’administration, le Syndicat de la police de Serbie, le Syndicat indépendant de la police, le Syndicat de l’industrie électrique serbe Elektroprivreda Srbije et le Syndicat aéroportuaire de Nikola Tesla. Par exemple, Elektroprivreda Srbije, détenue par l’État, contrôle entièrement son syndicat. L’organisation n’est enregistrée qu’auprès de l’employeur et reçoit environ 9 millions d’euros par an de soutien financier. L’entreprise a refusé de négocier avec l’organisation affiliée à NEZAVISNOST et a conclu une convention collective avec le syndicat qu’elle contrôle malgré son manque de représentativité.
Toutes les organisations ne sont pas non plus traitées de la même façon non plus lors du processus d’enregistrement. Conformément à la législation nationale, les organisations syndicales doivent s’enregistrer à tous les niveaux (local/entreprise, sectoriel et national) et le ministère du Travail a jusqu’à 30 jours pour mener à bien les démarches d’inscription. Dans la pratique, nombre d’organisations affiliées à NEZAVISNOST ont dû patienter plus de trois mois pour obtenir la décision définitive et tant qu’elles ne sont pas enregistrées, elles ne peuvent pas mener à bien leurs activités ni prendre part aux négociations collectives. Dans le même temps, le ministère du Travail accordait une procédure expresse pour l’enregistrement d’autres syndicats affiliés à des confédérations proches du gouvernement.