Theoretisch fallen die Tausenden FEZ-Beschäftigten unter einen angemessenen Rechtsrahmen. Das Arbeitsrecht gilt in den Zonen ohne Einschränkungen, und im Jahr 2013 trat ein Tarifvertrag in Kraft. In der Praxis zeichnen sich die Zonen jedoch durch kontinuierliche und zunehmende Verletzungen grundlegender Arbeitnehmerrechte aus. Im Jahr 2013 wurden 160 Beschäftigte von Paper Bags, einer Tochter des indischen Konzerns WACEM, entlassen, weil sie bessere Arbeitsbedingungen gefordert hatten. Sie waren Opfer des arbeitnehmerfeindlichen Verhaltens des Unternehmens und des berüchtigten Tâcheronnat-Systems für Leiharbeit und Outsourcing, das Missbräuchen jeglicher Art Tür und Tor öffnet. Trotz der Mobilisierung nationaler und internationaler Gewerkschaftsorganisationen und togolesischer Menschenrechtsgruppen warteten die Beschäftigten Anfang des Jahres 2016 immer noch darauf, zu ihrem Recht zu kommen. Die Arbeitnehmerforderungen und die wiederholten Warnungen der COSYNTRASOFT, der Organisation, in der die FEZ-Gewerkschaften zusammengeschlossen sind, in Bezug auf Fragen des Arbeitsschutzes werden gewöhnlich ignoriert.
Am 30. Januar 2015 starb eine Beschäftigte des koreanischen Unternehmens NINA an ihrem Arbeitsplatz. Sie hatte einem Vorgesetzten gesagt, dass es ihr nicht gut gehe, war aber angewiesen worden, weiterzuarbeiten. Die Arbeitsbedingungen in diesem Betrieb waren zuvor bereits als erschreckend bezeichnet worden, und die Frauen müssen oft 10 Stunden lang ununterbrochen im Stehen arbeiten.
Im Juni kamen wegen mangelnder Sicherheitsvorkehrungen sechs Beschäftigte der Zementfabrik der WACEM-Gruppe bei einer Treibstofftankexplosion ums Leben. Fast 900 Beschäftigte dieses indischen Konzerns sind im Rahmen des Tâcheronnat-Leiharbeitssystems beschäftigt. Die Geschäftsführung stellt ihnen keine Ausrüstung zur Verfügung und ignoriert ihre Forderungen. Ende 2015 kam schließlich nach langen Bemühungen eine Tarifvereinbarung zustande.
