La mayor reforma relacionada con los derechos laborales y de sindicalización se focalizó en el empleo público. Sin tener en cuenta la voz de los trabajadores, el Gobierno inició una persecución y una eliminación progresiva de asociaciones, siendo el período 2015-2016 el de mayor agresividad.
Aunque se otorgan derechos de sindicalización y huelga, estos son inviables en su ejercicio ya que se prohíbe completamente la paralización de cualquier servicio público, sin considerar las regulaciones de la OIT para la definición concertada de los llamados servicios esenciales en los que estaría restringido el ejercicio del derecho. Si los funcionarios se declaran en huelga y paralizan sus servicios pueden ser investigados y juzgados penalmente bajo cargos de sabotaje, terrorismo, invasión de edificios públicos y atentados contra la seguridad del Estado.
A partir de 2016 se eliminó la posibilidad de ejercer el derecho de negociación colectiva. Esto produce un fenómeno de pérdida de afiliados y sindicatos, debido a que, si la naturaleza de estas organizaciones es la defensa de derechos individuales y colectivos de sus miembros, la no existencia de los contratos colectivos elimina la esencia de las mismas.
Varias instituciones del sector público se niegan a realizar el descuento de la cuota sindical a sus afiliados y que otras retienen ilegalmente las cuotas sindicales como la Empresa Petroecuador. La realización de sistemáticas violaciones a la libertad sindical generó la proliferación de organizaciones de trabajadores paraestatales partidarias del gobierno. Este es el caso la Central Unitaria de Trabajadores (CUT), que apoya las posturas gubernamentales y neutraliza al Frente Unitario de los Trabajadores (FUT) y de la Red de Maestros para neutralizar a la Unión Nacional de Educadores (UNE).